Lønnssystemer fokuserer på den tekniske prosessen med å beregne lønn, trekke skatt, rapportere til Skatteetaten og utbetale til ansatte. Mange regnskapssystemer som Tripletex og PowerOffice Go har innebygde lønnsmoduler som dekker dette.
Et personalsystem går bredere og dekker hele livssyklusen til en ansatt: fra mottak og opplæring av nyansatte og prøvetid til fravær, medarbeidersamtaler, kompetanseutvikling og eventuelt avslutning av arbeidsforhold. Systemer som Huma og Hailey er bygget for denne typen oppgaver. For bedrifter med færre enn fem ansatte er et lønnssystem ofte nok, mens bedrifter som vokser raskt eller har mye personaladministrasjon får mer igjen for et dedikert personalsystem.
